La jueza de Ejecución, María Lidia Wyder, dispuso la medida para quien venía cumpliendo la pena bajo la modalidad de prisión domiciliaria.
En agosto de 2022, el exrector fue hallado culpable del delito de lesión de confianza, tras determinarse un perjuicio patrimonial de G. 1.154.401.733 en la alta casa de estudios. La causa penal tuvo su origen en las históricas movilizaciones estudiantiles del año 2015, que exigían transparencia y reformas institucionales en la UNA.
El tribunal de sentencia que tuvo a su cargo el proceso fue presidido por Victoria Ortiz, e integrado por Pedro Nazer y Rilsy Ortiz.
El colegiado concluyó que Peralta realizó contrataciones y nombramientos irregulares, asignación abusiva de salarios y mala gestión administrativa en forma deliberada.
El 19 de setiembre de 2023, la Corte Suprema de Justicia confirmó la condena y el 9 de noviembre, Peralta, el exrector se entregó a las autoridades.
La jueza Silvana Luraghi ordenó su reclusión en la Unidad Industrial La Esperanza , pero la Cámara de Apelaciones de Central integrada por Sonia de León, María Lourdes Cardozo y Fabriciano Villalba dispuso la prisión domiciliaria, con el argumento de que el condenado ya tenía más de 70 años de edad