El inicio de esta etapa estuvo marcado por la figura de Ángel Roberto Seifart (1993-1998), el primer civil en ocupar el cargo en casi setenta años. Seifart, con una sólida formación jurídica y experiencia previa como ministro de Educación, debió inaugurar la operatividad de la oficina junto a Juan Carlos Wasmosy. Su gestión fue vital para navegar las primeras crisis militares y financieras del Paraguay democrático, actuando como un traductor político entre un presidente de perfil empresarial y un Congreso profundamente fragmentado. No obstante, Seifart advirtió con lucidez que las internas partidarias podrían erosionar la cohesión del gobierno, un presagio que se cumpliría en las décadas siguientes.
La vulnerabilidad del sistema se manifestó con crudeza extrema durante el período de Luis María Argaña (1998-1999). Elegido en una fórmula de alta tensión junto a Raúl Cubas Grau, Argaña representaba una facción antagónica a los intereses del mandatario. Su asesinato en marzo de 1999 no solo sumió al país en el luto, sino que provocó una crisis de sucesión sin precedentes conocida como el “Marzo Paraguayo”. Ante la renuncia de Cubas, la Corte Suprema de Justicia debió intervenir para otorgar certeza constitucional a la asunción de Luis Ángel González Macchi, demostrando que la arquitectura de 1992 aún presentaba vacíos ante la doble acefalía.
Este convulso escenario dio lugar a una anomalía política: Julio César Franco (2000-2002), del Partido Liberal, ganó la Vicepresidencia en elecciones especiales, forzando una cohabitación con el Partido Colorado. La relación fue de confrontación abierta; Franco utilizó el cargo como una plataforma de control y denuncia contra el Ejecutivo, lo que terminó paralizando la gestión pública hasta su renuncia. Esta experiencia dejó una lección duradera: el vicepresidente no puede funcionar eficazmente si actúa como un opositor interno, ya que su rol constitucional de nexo requiere alineación con la agenda gubernamental.
A partir del 2003, bajo la presidencia de Nicanor Duarte Frutos, la institución buscó profesionalizarse. Luis Alberto Castiglioni (2003-2007) marcó un hito al dotar a la Vicepresidencia de su primera sede propia en el 2004, terminando con 160 años de itinerancia administrativa. Castiglioni se enfocó en temas de infraestructura y sustentabilidad, actuando como un gestor eficiente ante organismos internacionales. Sin embargo, la ambición sucesoria volvió a generar fricciones cuando el presidente intentó forzar una reforma para la reelección, lo que provocó la salida de Castiglioni y la asunción interina de Francisco “Papito” Oviedo, quien aportó un perfil técnico y de diálogo en el tramo final del mandato.
El período cerró con la compleja relación entre Fernando Lugo y Federico Franco (2008-2012). Franco, representante del liberalismo tradicional en una coalición de cambio, mantuvo una postura de “sucesor crítico” que culminó en el juicio político tras la tragedia de Curuguaty. Al asumir la Presidencia, Franco completó el ciclo de veinte años donde la Vicepresidencia paraguaya pasó de ser un ensayo institucional a convertirse en el factor decisivo para la continuidad del Estado ante crisis de legitimidad y mando.