La detención se llevó a cabo alrededor de las 17:30, en una zona boscosa de la ribera del arroyo Yhú, a unos siete kilómetros de la Ruta PY03, a la altura del km 78, Gral. Elizardo Aquino, luego de un extenso trabajo de inteligencia policial.
El hecho ocurrió en la zona del arroyo Yhú, a la altura del kilómetro 78 de la Ruta PY03. Según relatos de agentes de la Comisaría 3ª de Arroyos y Esteros, su hermano Damián le derramó combustible y prendió fuego con un encendedor. Después, Francisco fue derivado al hospital donde finalmente falleció debido a la gravedad de sus lesiones.
La detención se concretó en cumplimiento de un oficio fiscal de la Unidad Penal Nº 2 de la Fiscalía Zonal de Emboscada, tras más de cuatro meses de tareas de inteligencia y seguimiento. Inicialmente, el caso estaba a cargo del fiscal Bernardo Elizaur, de Emboscada. El mismo renunció al Ministerio Público tras ser descubierto presuntamente pidiendo coima a una persona que se encontraba con problemas judiciales.
El operativo en cuestión estuvo a cargo del subcomisario Pedro Morán, acompañado por el suboficial inspector Aldo Cárdenas, el suboficial primero Alejandro Salinas, el suboficial segundo Aldo Román y el suboficial ayudante Eduardo Giménez, quienes incluso simularon ser pescadores para no alertar al sospechoso.
Los agentes ingresaron al predio donde se encontraba el sospechoso y ahí lo encontraron, lo esposaron y le explicaron los motivos de su detención. El hombre vivía al costado de un arroyo bajo una carpa que le cubría de las lluvias.
En el lugar donde fue hallado había ocurrido el homicidio de Francisco Javier Alabilla Silguero. Aparentemente ambos vivían en el lugar en la absoluta indigencia.