Según señala el historiador Fabián Chamorro, la noche del 28, el Tte. Cnel. Manuel Marzana reunió a sus oficiales y mostró la orden de seguir resistiendo. Afectado por la situación y con poco más de 250 hombres en condiciones de luchar, decidió rendirse ante la grave carencia de municiones, víveres y, sobre todo, agua.
Desde un avión boliviano llegó al fortín un mensaje para Marzana: debía resistir diez días más para poder recibir refuerzos que lo ayuden a enfrentar a las tropas paraguayas que habían rodeado completamente el fortín. Con menos de trescientos hombres, continuar la batalla sería imposible.
La falta de agua
Hay que tener en cuenta que la sed fue un problema desde el inicio del enfrentamiento. Ya al mediodía del 9 de septiembre de 1932, las caramañolas de las tropas paraguayas quedaron vacías y muchos soldados abandonaron posiciones conquistadas en busca de agua. Ante la situación, el comando paraguayo ordenó la suspensión del ataque y el reagrupamiento de las unidades.
Pero en los días siguientes la artillería paraguaya aumentó su precisión y la lucha se extendió por todo el frente: una concentración de fuego sobre Boquerón y maniobras para cortar las vías que conectaban el fortín con las posiciones bolivianas. Gradualmente los paraguayos cercaron la plaza. El entonces Teniente Coronel José Félix Estigarribia impuso tolerancia cero para quienes abandonaran sus puestos sin autorización.
Así, el sitio paraguayo a Boquerón continuó firme hasta que en la madrugada del jueves 29, los bolivianos se rindieron.
El meridiano 62
En La Tribuna de aquellos días existía una posición triunfalista (un hecho obvio en la prensa de países en guerra), pero había algo en que se insistía que era en que la guerra culminaría cuando el ejército boliviano quede replegado detrás del meridiano 62, como puede verse en una nota publicada en tapa en la edición del 28 de septiembre de 1932.
El meridiano 62° Oeste de Greenwich representaba una de las líneas fronterizas y diplomáticas más cruciales en disputa, sirviendo como la frontera jurídica tradicional que separaba las reclamaciones territoriales del Paraguay de las de Bolivia.
El meridiano cruza de norte a sur el corazón del Chaco Boreal, pasando muy cerca de fortines históricos bolivianos que son claves como Ballivián, Guachalla y que están al oeste de Boquerón.
Antes de que estallara el conflicto armado, ambos países ya habían firmado acuerdos preliminares que no llegaron a ratificarse del todo, pero que fijaron posiciones políticas. El acuerdo diplomático de statu quo derivado del proyecto Pinilla-Soler y el Protocolo Ayala-Mujía (1913) determinaba que Paraguay ejercía posesión legítima al este del meridiano 62° (y al sur del paralelo 20°30′). Paraguay sostuvo firmemente esta línea legal y militar hasta el inicio de las hostilidades.
Ya al inicio de la guerra, tras la batalla de Boquerón, la Comisión de Neutrales en Washington intentó detener el conflicto proponiendo un alto al fuego con un retroceso de diez kilómetros para ambos ejércitos. Paraguay rechazó esa propuesta corta y exigió mayores garantías de seguridad: propuso que sus tropas retrocedieran hasta el río Paraguay, pero exigió que las fuerzas bolivianas se replegaran completamente al oeste del meridiano 62°30′ (despejando el Chaco central). Bolivia no aceptó y el conflicto continuó.
En el mapa histórico de la Guerra del Chaco, el meridiano 62° Oeste dividió las posiciones militares de forma muy clara. Hacia el este se extendían los fortines que formaban el núcleo inicial de la defensa y la ofensiva paraguaya, mientras que hacia el oeste (y sobre la misma línea del meridiano) se encontraban las principales bases de penetración, abastecimiento y repliegue del ejército boliviano.
Para noviembre de 1934, el ejército paraguayo había tomado el Fortín Ballivían, en la margen derecha del río Pilcomayo, siete meses antes del cese de fuego.