Desde 1830 la dictadura de José Gaspar Rodríguez de Francia flexibilizó varias de sus medidas. La situación financiera era buena y varios impuestos fueron suprimidos o reducidos. Francia mostró cercanía con la sociedad asuncena: recibió en dos ocasiones delegaciones de vecinos —una en su cumpleaños, y otra cuando le pidieron restituir las tradicionales festividades de la Virgen de la Asunción. El 18 de julio de 1838 autorizó el canto del tedeum en la Catedral y, el 14 de mayo de 1839, se celebró el vigésimo octavo aniversario de la independencia con un desfile militar.
Hacia 1840 el dictador envejecía y ya rara vez salía de la Casa de los Gobernadores. La gota lo limitó físicamente y empezó a cuidarse más, saliendo poco. El 30 de agosto hizo su última salida a caballo, pero regresó pronto porque no se sintió bien. En septiembre su salud empeoró: el 16 de ese mes su médico, Vicente Estigarribia, se mostró preocupado y le pidió ordenar sus asuntos.
La noche del 19 de septiembre convocó al comandante Basilio Ojeda, pero ya no pudo hablar; su agonía fue larga y, durante la madrugada, balbuceó como si soñara. Su fiel de fechos, Policarpo Patiño, y el comandante Juan Bejarano cuidaban de él en esos días.
A la una y media de la tarde del 20 de septiembre de 1840, Francia murió, a los 74 años. Según testimonios, sufrió una apoplejía. Sólo cuatro días después se confirmó al pueblo la noticia de su desaparición: la bandera fue izada a media asta y las campanas de la Catedral anunciaron el triste acontecimiento. Recién el 1 de octubre, ya bajo un gobierno provisorio, se comunicó oficialmente el hecho a las distintas localidades del país. El Supremo Dictador no dejó un heredero político ni un sucesor claro.
Su sepelio duró dos días y fue enterrado en la iglesia de La Encarnación (hoy ya desaparecida), junto a un monolito con un epitafio oficial. En años posteriores el monumento desapareció y, durante el saqueo de Asunción en 1869, sus restos se perdieron. Francia salvó la independencia nacional y consolidó la identidad paraguaya, pero pudo haber dejado el aislacionismo mucho tiempo antes.