Para 1872 el país estaba ocupado por tropas extranjeras, destruido, y, en la práctica, las decisiones políticas dependían de la representación diplomática brasileña en Asunción. A esa presión se sumó un golpe clave: en agosto de 1869 las fuerzas imperiales se llevaron el Archivo Nacional paraguayo, dejando al Estado sin los documentos necesarios para defender sus derechos territoriales.
En noviembre de 1871 llegó a Asunción el representante brasileño João Mauricio Wanderley, Barón de Cotegipe. El gobierno paraguayo designó negociador a Carlos Loizaga, acompañado por el canciller José Falcón, un experto en los títulos territoriales del país. Falcón pronto resultó incómodo para Cotegipe y para Loizaga; con una administración influida por Brasil fue fácil excluirlo. Ante la perspectiva de aprobar concesiones que consideraba injustas, Falcón renunció.
Las conversaciones entre Loizaga y Cotegipe comenzaron el 4 de enero de 1872; cinco días después, ya con Loizaga como nuevo canciller, se firmaron los Tratados de Paz y Límites. Desde la primera reunión, el negociador paraguayo se limitó a asentir a las propuestas brasileñas, lo que permitió a Brasil consolidar las ganancias territoriales previstas en el Tratado Secreto.
Los acuerdos llegaron al Congreso Nacional y Juan Bautista Gill, presidente del cuerpo, aceleró su aprobación: en una sola sesión, el 26 de enero de 1872, el Parlamento sancionó los tratados por 23 votos contra cuatro.
La protesta aislada del senador Cirilo Solalinde fue sofocada; varios congresistas incluso visitaron la casa de Cotegipe para felicitarlo y brindar, un gesto que muchos consideraron vergonzoso.
Además de la cesión de territorio, el tratado garantizó la permanencia de tropas imperiales en Paraguay durante cuatro años más, consolidando una ocupación que limitó la soberanía efectiva del país. El resultado fue la pérdida de territorios, la deslegitimación de las instituciones y una cicatriz profunda en la memoria colectiva paraguaya.