Según la acusación del Ministerio Público, se le atribuye a Alexandre Rodrigues Gomes liderar una estructura criminal dedicada al tráfico internacional de sustancias estupefacientes. Entre el año 2019 y el 2021, Alexandre Rodrigues Gomes formó parte de una organización criminal integrada por ciudadanos paraguayos, brasileños y bolivianos, dedicada al tráfico internacional de sustancias estupefacientes, con base de operaciones en ciudades fronterizas del departamento de Amambay.
Esta estructura criminal liderada por Rodrigues Gomes operaba en todas las etapas de la cadena delictiva: adquisición de cocaína, pasta base en Bolivia, ingreso al territorio paraguayo mediante aeronaves que aterrizaban en pistas clandestinas ubicadas en establecimientos rurales, resguardo y transporte posterior al territorio brasileño y otros destinos internacionales como el continente europeo.
También se le atribuye a Alexandre Rodrigues Gomes haber estado vinculado con la organización criminal liderada por Jarvis Chimenes Pavão y, en ese contexto, haber tenido participación en transacciones de compra-venta de bienes inmuebles existentes en territorio paraguayo que forman parte del patrimonio de la organización criminal y fueron adquiridas de manera irregular.
Concretamente, se hace referencia a la adquisición irregular del establecimiento rural denominado estancia Negla Poty en el año 2020. En ese sentido, se le atribuye haber pertenecido a una estructura criminal independiente a la de Jarvis Chimenes Pavão, con la que brindó auxilio económico a la organización de este último, mediante la adquisición de la referida estancia, como parte de una práctica común que realiza a favor de grupos criminales que operan en la frontera.
Además, se le atribuye haber realizado operaciones financieras sin sustento comercial, a título personal y también a través de las empresas de las cuales formaba parte (como Paraguay Autopartes SA), con personas físicas y jurídicas vinculadas al narcotráfico (como Antonio Joaquim da Mota,
Luis Carlos da Rocha, Diego Isaac Benítez y las empresas vinculadas a ellos), entre los años 2017 y 2021; habiendo operado con diversos roles (en algunas ocasiones como lavador, en otras como financista, etcétera).
También se le atribuye haber recibido fondos de diferentes grupos criminales que operan en la zona norte del país, y posteriormente enviarlos a un grupo económico constituido por las firmas Pasfin SAECA, Agroforestal Las Quebradas SA, Cepagro SAECA, Annuaki SA; empresas que, posteriormente, reinvertirían el capital ilícito en diferentes sectores económicos a través de sus diversas actividades comerciales o serían utilizadas para adquirir bienes de distinta naturaleza.
Por último, se le atribuye haber inyectado grandes sumas de dinero al sistema financiero paraguayo de manera ilícita por medio de transacciones en efectivo sin sustento documental suficiente. Esto, a través de sus cuentas bancarias, en un período comprendido entre el 2015 y el 2021.