Yacopini se encontraba de paseo con amigos cuando, tras lanzarse al agua en una zona de poca profundidad, sufrió un fuerte golpe en la cabeza y cuello al impactar contra el fondo. El impacto fue de tal magnitud que derivó en un politraumatismo grave y shock medular, una combinación de lesiones que encendió la alerta de inmediato. Tras el accidente, el piloto de Toyota Gazoo sufrió un paro cardiorrespiratorio, que las brigadas médicas lograron revertir antes de su traslado a un centro asistencial. Ese primer momento marcó el inicio de una batalla que ahora transita por los pasillos de la Clínica de Cuyo (Mendoza) donde se encuentra internado en terapia intensiva.
El lamentable accidente impactó directamente en sus actividades deportivas. Juan Cruz Yacopini había sido confirmado como piloto del equipo Toyota Gazoo Racing Sudáfrica para el Rally Dakar 2026, competencia que arranca el 4 de enero en Arabia Saudita. Sin embargo, la misma escudería se encargó de informar que finalmente el argentino no formará parte del equipo en esta temporada, a consecuencia del incidente.